但此后很长一段时间内，德国国家队中没有一位拜仁慕尼黑队球员。虽然在1957年，在42000名球迷的注视下，红衣军团在满座的奥格斯堡罗瑟瑙体育场，由队长约普斯特带领1-0击败杜尔塞多夫，第一次夺得德国足协杯，但这之后球队陷入了低谷。1962年，维尔赫姆·诺伊德克开始经营球队。但球队在1963年就受到了一个打击，在新成立的德国足球甲级联赛中，没有出现拜仁慕尼黑队的名字。

　　1968年是相对动荡的一年。布兰科·泽贝奇接过了前任主教练采科夫斯基帅印，开始用他的铁腕治军。他甚至还禁止球员Hale Waihona Puke Baidu买和饮用啤酒。虽然专家对他的预测十分悲观，但是他仍然率领拜仁慕尼黑队夺得了真正的双冠王：在德甲联赛中以8分的优势压倒亚琛队夺冠，在德国杯决赛中击败沙尔克04队捧杯。然而在以后的几年里，德甲联赛中出现了另一支劲旅门兴格拉德巴赫队，给拜仁慕尼黑队制造了不小的麻烦。在1970和1971年的德甲冠军争夺战中，门兴队两次击败了拜仁慕尼黑队。

　　在二战这段惨痛的历史结束后，德国足球需要改造和重建。九年之后，德国国家队在瑞士举起了世界杯。泽普·赫尔贝格执教德国国家队第一次成为世界冠军，但是3-2战胜匈牙利的那场决赛对于拜仁慕尼黑队队长雅克布·施特莱特勒来说却是一次苦涩的经历。这位15次代表国家队出场的球员在决赛中不得不坐在场边看着弗里茨·瓦尔特和队友们赢得了比赛。

　　1977年拜仁迎来了很大的变动，也没有夺得联赛冠军。贝肯鲍尔离开了拜仁慕尼黑，加入了美国职业大联盟的纽约宇宙队。一年之后，穆勒也跟随他的脚步来到了大西洋彼岸的劳德代尔堡队。

　　1979年，年仅27岁的赫内斯出任俱乐部经理，取代了贝肯鲍尔和顾问罗伯特·施瓦恩。帕尔·切尔纳伊取代了久拉·洛兰特，成为球队新任主教练。拜仁拒绝了前1860球员马克斯·梅尔科尔入主球队执教。而同时，俱乐部主席诺伊德科尔宣布辞职，威利·O·霍夫曼成为了俱乐部的新主席。

　　1967年，拜仁慕尼黑队迎来了欧洲赛场上的第一个顶峰时期。在球队4比0战胜汉堡夺得德国杯冠军后，贝肯鲍尔和他的队友们又马不停蹄地成就了双冠王伟业。“公牛”弗朗茨·罗特在欧战中连连进球，被人们称为“欧战先生”。正是他在第109分钟的进球帮助拜仁慕尼黑队在纽伦堡1-0击败了格拉斯哥流浪者队，巴伐利亚人终于捧走了欧洲优胜者杯。

　　一个名叫弗朗茨·约翰的柏林人开创了这段伟大的历史，以及俱乐部成立中那18条章程。他们就是第一批拜仁慕尼黑球员。1907年，拜仁慕尼黑队迁入了新主场，位于莱奥波尔特大街的拜仁训练场，从此开始了球队的不朽传奇。

　　在俱乐部的首场比赛里，他们以8比1战胜了同城对手FC瓦克队，预示着球队辉煌时代的开始。这一切，都被他们正面看台的铁杆球迷尽收眼底。这是拜仁历史上的第一个成就。1910年，球队迎来了第一个顶峰时期。那一年，球队夺得了东部地区冠军。

　　1926年，球队成为南德冠军。1932年，拜仁慕尼黑队2比0击败法兰克福，第一次夺得全国冠军。当时的进球功臣是鲁尔和克鲁姆。当时球队的明星球员有海德卡夫和布莱德尔。而球队的主教练、按摩师、组织者和经理都是理查德·多姆比一人担当。

　　拜仁在德国逐渐成为一个家喻户晓的名字。但是1936年，在西麦茨莱特、高特布鲁纳以及莫尔和国奥队在柏林奥运会风光了一把之后，足球精神消失了。然后第二次世界大战爆发，这阻碍了德国体育发展许多年。

　　随后拉特克又带领球队夺得了两次德甲冠军。接下来拜仁慕尼黑队终于迎来了第一个重量级的冠军：1974年的欧洲冠军杯。施瓦岑贝克的进球让球队在布鲁塞尔举行的决赛中1比1战平马德里竞技，两队不得不进行重赛。在重赛中，拜仁慕尼黑队在贝肯鲍尔的带领下4比0战胜了马德里竞技，赫内斯和穆勒都梅开二度。

　　在这一年里，德国国家队也夺得了世界杯冠军。他们在慕尼黑举行的决赛中击败了宿敌荷兰队。在那场2比1的胜利中，有六名拜仁慕尼黑队的球员在场上踢球：迈尔，贝肯鲍尔，施瓦岑贝克，布莱特纳，赫内斯和穆勒。他们中有两人进了球：布莱特纳的点球，以及穆勒那粒让人难忘的锁定胜局的一球。

　　1911年，拜仁慕尼黑队以不败战绩成功卫冕东部地区冠军，同时球队中也诞生了更多优秀的球员。俱乐部有了第一名国脚，马科斯·加布隆斯基。他于1910年5月16日第一次披上德国队战袍，那场比赛德国队0比3不敌比利时。从此球队的一切事务都发展迅速。到1920年时，俱乐部已有700名会员，成为了慕尼黑最大的足球俱乐部，并且一直延续到今天。

　　尽管直到1980年拜仁慕尼黑队才又一次夺得了联赛冠军，但他们在欧洲赛场上的表现却是无以伦比的。1975年，在巴黎举行的欧洲冠军杯决赛上，球队依靠罗特和穆勒的进球2比0击败了利兹联队。1976年拜仁又在格拉斯哥凭借罗特的进球1比0击败了法甲劲旅圣埃蒂安队。这两年的球队教练换成了德特马·克拉默，而球队也两夺冠军杯，成就了三连冠的伟业。同时，在1976年的丰田杯上，拜仁慕尼黑队以两回合0比0和2比0的比分战胜克鲁塞罗队，但这也是球队上个世纪赢得的最后一个大赛冠军头衔。

　　这个三人组成为球队的核心力量，并率领拜仁慕尼黑队走向世界舞台。1965/66赛季，拜仁慕尼黑队踢完了球队历史上第一个德甲赛季。贝肯鲍尔和迈尔也被招入德国国家队，他们参加了在英格兰举行的世界杯，他们只是在决赛才输给了东道主。

　　但是拜仁这一年并不是颗粒无收：在法兰克福60000名观众面前，奥尔豪瑟和贝肯鲍尔的进球以及布雷恩宁格的梅开二度帮助拜仁慕尼黑队4比2战胜麦德里赫尔SV队，夺得了球队历史上第二座德国杯。

　　然后拜仁进入特拉帕托尼时代。不过虽然与球员和媒体的关系处理的不错，他却没有给俱乐部带来想要的荣誉。在94/95赛季，拜仁慕尼黑队联赛最终仅排名第六，在欧洲冠军杯半决赛上也被阿贾克立即博体育首页登陆斯队淘汰。于是雷哈格尔来了，同时到来的还有球星克林斯曼、赫尔佐格和斯福扎。

　　在1996年的欧洲联盟杯半决赛上，拜仁慕尼黑队遭遇巴塞罗那队。在奥林匹克球场，两队2比2战平。形势对拜仁慕尼黑极为不利。然而在1996年4月16日的诺坎普球场，拜仁慕尼黑的将士们众志成城，凭借巴贝尔和维特切克的进球以2比1客场获胜，晋级决赛。

　　1972年拜仁慕尼黑队在新帅乌多·拉特克的带领下，在崭新的慕尼黑奥林匹克球场重新举起德甲冠军奖盘。更让拜仁慕尼黑队球迷欣喜的是：盖尔德·穆勒在这个赛季攻入了40个进球，而球队在两分制的联赛里最终积55分，这两项数据均创造了德甲联赛纪录。在杯赛中拉特克的队伍也一路势如破竹，并在决赛的加时赛中2比1击败科隆，把奖杯带回了慕尼黑。

　　同一年，德国队在世界杯决赛中输给了意大利队。尽管如此，布莱特纳作为唯一一个在两届世界杯决赛上都有进球的德国人而载入史册。在1965至1981年间，拜仁的球员11次成为德国足球先生：贝肯鲍尔（4次），迈尔（3次），穆勒（2次），鲁梅尼格和布莱特纳。

　　1983年，拉特克回到了拜仁慕尼黑队。1984年，球队在德国杯决赛中点球战胜门兴格拉德巴赫队而夺得冠军。在那场比赛中，马特乌斯为门兴攻入了他转会拜仁前的最后一粒点球。同时，鲁梅尼格以创纪录的1100万马克身价加盟了意甲球队国际米兰。值得一提的是，一支英国流行组合甚至在歌中赞美了鲁梅尼格的“性感的膝盖”。

　　2002－2003年的德甲联赛中，拜仁慕尼黑队以16分的绝对优势压倒斯图加特队，毫无悬念的夺得冠军。在德国杯决赛上，凭借巴拉克的两个进球，球队3比1战胜凯泽斯劳滕队，第四次夺得双冠王。作为埃芬博格接班人的巴拉克被评为年度德国足球先生。

　　1985年，新加盟的球员索伦·勒尔比和年轻的威格尔·科格尔帮助球队夺得了德甲联赛冠军。弗里茨·席勒成为了俱乐部经理。一年后球队再次夺得双冠王。1987年，联赛冠军依然属于拜仁慕尼黑。但是在维也纳举行欧洲冠军杯决赛上，拜仁慕尼黑队1比2不敌波尔图队。

　　1988年，于普·海因克斯入主拜仁慕尼黑队，他要在马特乌斯、布雷默、埃德尔、休斯、米夏埃尔·鲁梅尼格和法夫离开后重组球队。他率领球队夺得了1989和1990年的联赛冠军，但在欧洲赛场上的却一无所获。在此期间，德国夺得了1990年世界杯冠军，那一届的德国国家队中有六名拜仁球员：奥根塔勒，罗伊特，托恩，科勒，弗吕格勒和奥曼。

　　大规模变动之后，球队开始有了转机。1980年，保罗·布莱特纳和年轻的卡尔·海因茨·鲁梅尼格帮助球队夺得了六年后的第一次冠军，球迷们亲切地把球队称为“FC布莱尼格”(FC Breitnigge)。第二年球队再次举起了德甲冠军奖盘。这两年汉堡、斯图加特和凯泽斯劳滕两次分列二至四位。

　　1982年，拜仁慕尼黑队在德国杯决赛中在0比2落后的情况下连扳四球，奇迹般的完成大逆转。迪特·霍内斯在比赛中头部受伤流血不止，但他绑着绷带坚持到了比赛结束，并且攻入一球。但是在欧洲冠军杯决赛中，拜仁慕尼黑队0比1不敌阿斯顿维拉无缘冠军。

　　但是两年后，拜仁就在德国足球的最高殿堂掀起了一股新的风暴，当时球队主帅是奇科·采科夫斯基（已于1998年辞世）。在此后的一段时间内，球队的取得了长足的进步，荣誉簿上也增加了弗朗茨·贝肯鲍尔等伟大的名字。

　　贝肯鲍尔在一次争论后，选择了加入拜仁慕尼黑队而不是慕尼黑1860队。而采科夫斯基也给予他充分信任，让他参加升级附加赛。在他身后的球门前，站立的是一个叫做泽普·迈尔的门将。在他前方的锋线上，站立的是一个低矮结实的叫做盖尔德·穆勒的年轻人（采科夫斯基亲切地称他为“小胖穆勒”）。

　　在随后的2001－2002赛季中，拜仁慕尼黑队仅取得了一项冠军。在联赛冠军的争夺战中，球队排在多特蒙德和勒沃库森队后。在德国杯半决赛上，拜仁慕尼黑队又以0比2输给了沙尔克04队。欧洲赛场上，他们又被老对手皇家马德里队挡在了四强之外。唯一安慰球迷的就是丰田杯赛场上战胜了博卡青年队，库福尔的进球让球队本赛季不至于一无所获。

　　1994年起就出任俱乐部主席的贝肯鲍尔在决赛时他就站在场边观战。球队在两回合里以2比0和3比1战胜波尔多，赢得了俱乐部历史上唯一一座欧洲联盟杯冠军奖杯。但是那一年的德甲联赛冠军却是多特蒙德。

　　特拉帕托尼又回到了俱乐部。在拜仁执教的这两个赛季内，他为球队带来了两项冠军：1997年德甲联赛冠军和1998年德国杯冠军。当这位意大利人离开时，整个慕尼黑都向他鞠躬致敬。他以他充满激情的演说赢得了球迷的心，人们不会忘记他。

　　1999-2000赛季的欧洲冠军杯上，拜仁慕尼黑队小组赛中碰到了皇家马德里队。他们在伯纳乌和奥林匹克体育场分别以4比2和4比1的比分战胜对手。在半决赛中两队再次相遇，拜仁慕尼黑队这次却因为净胜球少而被挡在了决赛大门外。

　　希斯菲尔德的球队又一次举起了冠军奖盘，但这个冠军却是意外之喜。他们要感谢最后一轮成功阻击勒沃库森队的温特哈兴。在德国杯决赛上，拜仁慕尼黑队3比0完胜云达不来梅，报了去年决赛点球负于对手的一箭之仇。这也是球队历史上第三次夺得联赛杯赛双冠王。卡恩也被评为当年的德国足球先生。

　　海因克斯在91/92赛季离开了拜仁慕尼黑队，索伦·勒尔比接替了他的位置。但是拜仁的成绩并没有得到提升，甚至一度陷入保级危机。俱乐部又请来了埃里希·里贝克。贝肯鲍尔和鲁梅尼格此时正式担任了俱乐部的副主席，并给了里贝克很大的帮助。在93/94赛季，足球皇帝亲自上阵，他接过了没有好运气的里贝克的教鞭，率队夺得了德甲冠军。

　　特拉帕托尼走后，继任者是希斯菲尔德。他执教的第一个赛季就堪称完美：球队夺得了历史上第15个德甲联赛冠军，同时也进入了德国杯和冠军杯的决赛。但在巴塞罗那的那个夜晚，球队在最后时刻不可思议的连丢两球痛失冠军。在德国杯决赛上，球队在点球大战中4比5惜败于云达不来梅队。

　　1999年冠军杯决赛中噩梦般的经历并没有击垮拜仁慕尼黑队。进入新千年以后，球队在卡恩、埃芬博格和埃尔博的率领下在各条战线上都取得了不错的成绩，开创了一个新的时代。

　　球迷对于2001-2002赛季的经历更是难忘。在德国杯第二轮，球队就被业余队马格德堡淘汰。但在联赛最后一轮，凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的间接任意球战胜汉堡队，再次夺得德甲冠军。沙尔克04队的球迷也在这一时刻经历了从大喜到大悲的过程。

　　在这一年的欧洲冠军联赛赛场上，拜仁慕尼黑队完成了一系列复仇战。先是在四分之一决赛上淘汰了曼彻斯特联队。半决赛两回合分别以1比0和2比1战胜了皇家马德里。2001年5月23日，拜仁慕尼黑队圣西罗球场迎来了决赛对手瓦伦西亚队。卡恩成了当晚的英雄，在120分钟内两队战成1比1平。在随后的点球大战中，卡恩扑出了3个点球，帮助球队第四次举起了欧洲冠军杯。