三冠巅峰后，贝肯鲍尔远走纽约，拜仁在接下来的欧冠赛季止步八强，联赛也只获得了第七名，不过由于身前的科隆和汉堡分别获得了德国杯冠军和欧洲优胜者杯冠军，拜仁幸运地拿到了欧战席位。

　　由于不满战绩，1977年12月，拜仁与法兰克福进行了一笔交换交易：克拉默前往美因河畔，久拉·洛朗(Gyula Lóránt)挂帅南部之星。结果接下来拜仁的战绩更加糟糕，于是洛朗在一年后就在冬歇期惨遭解雇，马克斯·默克尔(Max Merkel)本来已经被选定为继任者，但由于球员们强烈反对，俱乐部只能选择“次佳解”——洛朗的助教帕尔·切尔奈(Pál Csernai)，最终1978/79赛季拜仁排名联赛第12，这是拜仁在德甲联赛历史上的最差战绩，赛季末，盖德·穆勒亦前往大西洋彼岸。

　　1979/80赛季开始前，拜仁不仅在竞技层面陷入低谷，财务层面也举步维艰。当时已经入不敷出，背负着700万德国马克的债务的俱乐部为了尽量减少开支，只有留下12名员工，而坚守17年的老主席诺伊德克退休使得俱乐部的未来更加扑朔迷离。更糟糕的是，1979年7月，塞普·迈尔在车祸中身受重伤，彼时他以连续为拜仁出战442场；8月18日，施瓦岑贝克因为跟腱受伤结束了自己的职业生涯——处于阵痛期的拜仁一下失去了刹车。

　　赶得早不如赶得巧，正当俱乐部无人拍板，上下忧心之时，诺伊德克想到了一位故人，那时他刚离开拜仁一年半，因为严重的膝伤还在犹豫要不要继续自己的职业生涯。想到这儿，诺伊德克赶紧驱车前往纽伦堡“拜会”他，经不住老主席的“软磨硬泡”，更出于对拜仁俱乐部强烈的认同，他同意了诺伊德克的请求，从纽伦堡回到慕尼黑一个月后正式退役。1979年5月1日，27岁的乌利·赫内斯成为了拜仁俱乐部的总经理，也是德甲历史上最年轻的总经理。

　　赫内斯不能为球队在球场上攻城拔寨了，但是他在场外的影响力无人能及。几年前赫内斯还在拜仁踢球时就跑遍了俱乐部大大小小的岗位，与同事们熟络起来之后开始深入了解他们的工作和俱乐部的运营模式。当时诺伊德克就发现这个年轻人眼光长远、心思缜密，从而有心栽培赫内斯，因此赫内斯还在踢球的时候就组织俱乐部与制造商Magirus-Deutz签订了赞助协议。

　　这笔钱在赫内斯上任后产生了不可估量的作用，首先是被用于布莱特纳的回归，布莱特纳回归后与1979年的欧洲足球先生鲁梅尼格组成拜仁双刀，被称为“布莱特尼格”(Breitnigge)，他们帮助拜仁虎口夺食，从70年代联赛的头号劲旅门兴和70年代末、80年代初，拥有凯文·基冈的1983年欧冠冠军汉堡嘴里抢下了1980年的联赛冠军；除了布莱特纳，拜仁还引进了奥根塔勒(Klaus Augenthaler)和迪特·赫内斯(Dieter Hoeneß)两名青年才俊；之后赫内斯将余钱用于还债，解决了部分主要债务问题后赫内斯坚信：要想让俱乐部长久运营必须要有独立造血的能力，于是赫内斯利用剩余的钱到处“旅游”，他首先跨越大西洋，借鉴美国体育的营销方式，并在那里将拜仁作为市场资源开始推广，而贝利的“君临”和墨西哥世界杯的举办本就使得70年代的北美对足球的热情空前，贝肯鲍尔和盖德·穆勒的到来更是锦上添花，于是赫内斯成功为拜仁创造了数百万美元的收入。

　　回到欧洲后赫内斯也没有闲着，他前往曼彻斯特，深入了解了曼联和英格兰联赛的赞助情况，随后前往阿姆斯特丹考察了阿贾克斯举世闻名的青训营，上任的第一年，赫内斯就将原来俱乐部1200万马克的营业额翻了一番，并获得了俱乐部六年来的第一个德甲冠军，鲁梅尼格对他佩服的五体投地，膜拜为“先驱”。经历了短暂的暗淡后，拜仁即将通过长期的稳定一步步迈入巨人之列。

　　1980/81赛季，“布莱特尼格”共打入46球，但是拜仁在欧洲冠军杯半决赛因客场进球劣势被利物浦淘汰。从此拜仁连续三年无缘联赛冠军。1982/83赛季，切尔奈由于战绩不佳被解雇，布莱特纳也结束了职业生涯，拜仁因此陷入了第二次经济危机。

　　由于资不抵债，1984年夏天，拜仁不得已将鲁梅尼格卖给了国际米兰，那时鲁梅尼格蝉联了1980和1981年金球奖，这笔1140万马克的转会创造了当时的世界纪录。拜仁用这笔钱顺利还清了债务，剩下的几百万确保了俱乐部从此的财政霸主地位。多年后鲁梅尼格在谈到这次交易时也与赫内斯相视一笑：“我很惊讶，但完全理解，不管怎么说只要拜仁好就行”。

　　乌多·拉特克二进宫取得了巨大成功，拜仁获得德甲三连冠并在1985年闯入欧洲冠军杯半决赛，1987年俱乐部进入欧冠决赛，在维也纳对阵弱旅波尔图。克格尔(Ludwig Kögl)在第78分钟终于为拜仁打破僵局，然而随后波尔图就凭借乌龙球扳平比分，两分钟后，波尔图反超，这是拜仁在欧冠决赛史上的第一个黑暗时刻，1：2，拜仁“爆冷”丢冠。

　　1986/87赛季末拉特克离任以后，雅普·海因克斯首次拿起了拜仁的教鞭，海因克斯的首个赛季，拜仁在不来梅身后获得联赛亚军，随后马特乌斯和布雷默离队加盟国际米兰，罗兰·沃尔法特（Roland Wohlfarth，不是拜仁神医）以17球成为联赛金靴。而球队在欧战半决赛遭遇了马拉多纳领衔的那不勒斯，遗憾落败。1988/89赛季拜仁在欧战赛场创造了“米兰奇迹”，八分之一决赛首回合0：2落后国米，拜仁在次回合3：1逆风翻盘。

　　下一赛季拜仁引入了7名新援，成功卫冕德甲，但球队在欧冠半决赛被拥有“荷兰三剑客”（古力特、里杰卡尔德和范巴斯滕）的AC米兰淘汰。而奥根塔勒在联赛对阵法兰克福的比赛中写意踢出的48.9米中圈吊射被评为“年度最佳进球”。赛季结束后，奥根塔勒、科勒、普弗吕格勒、罗伊特、托恩和奥曼六名拜仁球员跟随联邦德国队经历1990年梦幻的“意大利之夏”，以世界冠军的身份载誉归来。

　　1991/92赛季，科勒和罗伊特转会尤文图斯，那时的意甲被称作“小世界杯”，除了对球员有极大的诱惑力，对外国俱乐部同样如此。拜仁仅通过出售科勒就获得了1500万马克，但竞技层面也损失巨大，贝特霍尔德(Thomas Berthold)并没能替代科勒，同时奥根塔勒还结束了职业生涯。而由于门将位置遭遇伤病潮，托尼·舒马赫(Toni Schumacher)还作为三号选择为球队出战八场。

　　球员缺失导致战绩不佳，拜仁1：4输给斯图加特后跌至第12位，海因克斯黯然下课，不过他深受球员爱戴，当海因克斯与球员们告别时，大家都热泪盈眶。最终拜仁排名联赛第十，自1979年以来首次无缘欧战，赛季末，布莱恩·劳德鲁普(Brian Laudrup)和埃芬博格(Stefan Effenberg)离队。

　　1993/93赛季，主教练里贝克在冬歇期下课，副主席贝肯鲍尔临时救火，最终拜仁成功夺冠。接下来的94/95赛季意大利名帅，曾率领八十年代的尤文获得欧冠、优胜者杯、欧洲联赛和超级杯的特拉帕托尼(Giovanni Trapattoni)上任，然而由于语言不通，特拉帕托尼只执教了一个赛季就回到家乡。1994年秋，贝肯鲍尔正式担任主席。

　　接下来一个赛季拜仁仅排名第六，多亏了门兴获得德国杯冠军拜仁才拿到欧战资格，贝肯鲍尔对此非常不满，将欧联杯形容为“失败者之杯”(Cup der Verlierer)。

　　95/96赛季，“金色轰炸机”克林斯曼从热刺加盟，拜仁同时请来了著名的“大帝”雷哈格尔，他曾在不来梅度过了14年辉煌的执教生涯。九个月后雷哈格尔的拜仁排名第二，仍有不错的争冠机会，欧联杯也进入了半决赛。可由于与高层不和，双方一拍两散，后来雷哈格尔形容道：“这是我执教生涯中最不愉快的经历”。他喜欢掌控一切，是绝对的“大帝”，但是在拜仁，特别是有贝肯鲍尔这种级别的名宿坐镇下，雷哈格尔不可能掌权，因此他难以忍受很多事情没法按照自己的心意完成，也从来没有和拜仁的高层融洽相处过。只能说双方都很优秀，但彼此并不合适。

　　解雇雷哈格尔后，贝肯鲍尔又临时带队两个月，获得了欧洲联赛（欧联杯）冠军，但他始终对这座奖杯嗤之以鼻，不肯承认这个头衔。

　　新赛季特拉帕托尼二进宫，这一次终于取得成功。特拉帕托尼获得了他在国外的首个冠军，然而在96/97赛季对阵弗莱堡的比赛一比零领先后，教练用拉基斯——名不见经传的希腊球员换下了克林斯曼，意图加强防守。早就不爽特拉帕托尼的克林斯曼忍无可忍，一脚踹破了场边的广告桶，这个经典的画面成了克林斯曼拜仁生涯的句号。

　　接下来一个赛季不属于拜仁，雷哈格尔挂帅的升班马凯泽斯劳滕黑马成色过于耀眼，两家俱乐部整个赛季都在联赛进行追逐战。1998年3月10日0：1负于沙尔克后，特拉帕托尼彻底爆发，他在发布会上大发雷霆，用满是语法错误的德语完成了三分半钟的“激昂演讲”，以驳斥对他的批评，他还顺带“问候”了球员们，接着满脸通红地点名炮轰中场施特伦茨。虽然事后特拉帕托尼给施特伦茨道了歉，但人心已散。虽然拜仁在接下来的联赛保持不败，最终还是目送凯泽斯劳滕创造神话。

　　下个赛季多特蒙德的冠军教头希斯菲尔德成为了继任者，他率领多特获得了96/97赛季的欧冠冠军，埃芬博格回到球队担任他的左膀右臂。首个赛季拜仁顺利以15分的优势夺得联赛冠军，同时获得联赛杯冠军，1999年5月26日，拜仁闯入在诺坎普球场进行的决赛，志在三冠。

　　巴斯勒(Mario Basler)在第6分钟就帮助拜仁领先曼联，随后绍尔(Mehmet Scholl)和扬克尔(Carsten Jancker)的射门分边击中了立柱和横梁，这会让球队后悔万分。第80分钟，马特乌斯作为表现最好的球员主动要求被换下场，结果伤停补时阶段，曼联通过两次角球混战由谢林汉姆和索尔斯克亚完成史诗逆转，舒梅切尔的翻跟斗庆祝至今仍历历在目。拜仁就输了最后的黑色三分钟，而马特乌斯的下场引发了球迷长时间的讨论。

　　20天后拜仁又在德国杯决赛点球输给不来梅，这是拜仁首次在一个赛季输掉两场决赛。

　　2000年春天，俱乐部百年庆典，邀请皇马、曼联和加拉塔萨雷举办纪念赛并赢得冠军。圣克鲁斯(Roque Santa Cruz)、阿里·达伊(Ali Daei)和巴斯勒(Mario Basler)等神童的加盟也帮助拜仁锁定联赛杯赛双冠王，这是献给俱乐部的最好礼物。而那年联赛末轮夺冠也堪称奇迹：打平即夺冠的勒沃库森在客场被无欲无求的翁特哈兴爆冷击败，拜仁则在主场战胜不来梅逆转夺冠，勒沃库森的三连亚则成为了球队最辉煌也是最悲情的赛季。

　　下个赛季德甲的冠军悬念依旧保持到了最后一刻，第33轮结束后拜仁领先沙尔克3分，但净胜球处于劣势。末轮比赛同时开战，当沙尔克在主场5：3顺利战胜翁特哈兴的终场哨吹响时，拜仁还在客场0：1落后汉堡，“皇家蓝”球迷早就按耐不住激动之情，冲入球场疯狂庆祝，大屏幕上还在播放着拜仁补时阶段的比赛。伤停补时第三分钟，拜仁通过汉堡门将的失误获得禁区内间接任意球，安德森(Patrik Andersson)抽射终结悬念，1：1，拜仁还是冠军！

　　四天后拜仁前往米兰参加欧冠决赛对手是近几年的“新土豪”瓦伦西亚。比赛进行的十分激烈，双方不相上下，120分钟决战还是1：1后，比赛进入点球大战，“狮王”卡恩成了拜仁的英雄，卡恩三扑点球，2001年，拜仁时隔25年第四次登顶欧洲。

　　随后两年，拉姆和施魏因施泰格相继进入一线队，巴拉克、泽·罗伯托(Zé Roberto)和戴斯勒(Sebastian Deisler)也加盟球队。然而拜仁陷入了“基希丑闻”(Kirch-Affäre)，在媒体集团基希破产后，集团向拜仁俱乐部转移资产被曝光，金额为4000万马克。此外被曝光的还有1999年拜仁涉嫌游说德甲联赛将转播权授予基希公司，赫内斯是谈判委员会其中之一。

　　最终德国足联判定交易违规，责令拜仁曝光合同，并以违反公平竞赛原则命令拜仁将基希公司转移的资金用于联赛发展，最终双方达成和解，拜仁支付了300万欧元。

　　此后几年拜仁依旧成功，2005年夏天，拜仁离开了奥林匹克体育场，搬入新家慕尼黑安联球场——这又是赫内斯的杰作。千禧年之际，赫内斯意识到拜仁想要跟上时代节奏，就必须有一座属于自己的球场，而且要更大更现代化。于是趁德国获得2006年世界杯主办权之际，赫内斯一手推动了安联球场的建造，这是世界上第一座拥有全彩变色外墙的体育场。总部位于慕尼黑的安联保险购买了球场30年的冠名权，这使得拜仁的吸金能力更上一层楼，原本于2028年结束的球场贷款也因此提前14年完成。在安联球场，拜仁赢得了05/06、07/08和09/10赛季的联赛冠军。

　　2009/10赛季前，荷兰名帅范加尔上任，赫内斯接替1994年以来的贝肯鲍尔，由体育总监转任主席，范加尔上任做的第一件事就是走访青年队，并从二队提拔了巴德施图贝尔(Holger Badstuber)和托马斯·穆勒，同时拜仁花费3000万欧元从斯图加特签下戈麦斯(Mario Gómez)，2500万欧从皇马签下罗本，虽然三个月后球队仅排在联赛第14位，但范加尔稳定军心，并奠定了拜仁基础的4231体系。此后球队奋起直追，赛季末国内联赛杯赛完美收官，并与国际米兰会师欧冠决赛。

　　拜仁的纸面实力似乎更强，然而双方的支持率是五五开。因为国际米兰通过异常艰难的晋级之路连克切尔西和巴萨，穆尼里奥的球队在心态上显得更加老道。开场后拜仁主攻，而穆里尼奥则玩起了大赛惯用的低位防守战术，两名新人——出任左后卫的巴德施图贝尔和奥利奇身后的影锋穆勒丝毫不怯场，罗本也在右路多次突破了齐沃的防守，然而雷声大雨点小，拜仁就是攻破不了塞萨尔把守的球门，这似乎在国米的意料之中。第35分钟，国米利用拜仁中路一次丢失球权，由斯内德快速直塞给了米利托，打了米利托的老乡，拜仁右中卫德米凯利斯一个措手不及，这是典型的穆里尼奥式反击。然而拜仁似乎还比较镇定，好像在想：这什么情况？不过没关系，我们这样下去肯定能进球的。

　　结果踢到60分钟拜仁依旧占据主动，比分却依旧是0：1，这时范加尔坐不住了，用克洛泽换上下了出任左边前卫的阿尔滕托普，结果六分钟后，埃托奥和米利托双鬼拍门，再次以同样的方式送出进球。

　　如梦方醒的拜仁派上戈麦斯轰炸禁区发起总攻，然而两球在手的国米微微一笑，镇定自若地守了20分钟传中，补时阶段的拜仁球员也明了局势，于是伯纳乌变成了一座寂静飘渺的蓝黑色殿堂。

　　11/12赛季，克洛普的强势让多特蒙德抢尽了风头，国内两手空空的拜仁在海因克斯二进宫的带领下再次进入欧冠决赛。比赛不容有失——这是家门口举行的决赛。

　　穆勒第83分钟的禁区头球破门让整座城市陷入疯狂，经历了两年前的痛苦，慕尼黑人不想在家门口重温痛苦回忆。然而穆勒刚被换下后，德罗巴在第88分钟的头槌绝平又让主场球迷提心吊胆起来，加时赛上半场第5分钟，德罗巴在禁区左侧绊倒罗本，拜仁获得点球，然而命运再一次开了玩笑，罗本主罚的点球正中切尔西门将切赫下怀。

　　点球大战最后两轮，切赫分别扑出了奥利奇和施魏因施泰格的射门，由于三线屈居亚军，本赛季成为拜仁俱乐部历史上最意难平、最痛心的一年，尤其是在家门口丢掉欧冠……

　　好在饱经磨砺，拜仁的将士们已处变不惊。经历休赛期调整后拜仁强势归来，联赛进98球、失18球、积91分，拜仁毫无悬念地拿下沙拉盘，并稳稳当当进入欧冠决赛。而老对手多特蒙德也在与皇马和马拉加鏖战后惊险晋级，2013年5月26日，欧冠历史上迎来了首次德国国家德比。

　　相比于多特蒙德的青春风暴，拜仁在经历了前几年的撕心裂肺后学会了收放自如，面对多特的快速冲击拜仁像一张天罗地网，按照自己的节奏散开、缩紧。下半场曼朱基奇破僵后八分钟，京多安就通过点球让比赛重回均势。此后主攻的天平渐渐朝着多特蒙德倾斜，但拜仁也同时获得了更多反击空间。此后阿拉巴飘忽的远射和罗本穆勒的禁区连线分别被魏登费勒和苏博蒂奇用世界级表现化解。第89分钟，里贝里写意的脚后跟拨传和罗本四两拨千斤的轻轻一撮绝杀最后的悬念。四年三进欧冠绝赛，拜仁终于梦圆伦敦。那个夏天，千万双手在慕尼黑玛丽亚广场挥舞，有酒馆里弗朗茨·约翰的，有办公室里乌利·赫内斯的，还有市政大厅上托马斯·穆勒的……鸡毛飞上天，他们陪伴拜仁走过高山低谷，红色的永恒将写入一生的履历。

　　海因克斯功成身退，瓜迪奥拉接过教鞭，同时拜仁签下了超级射手莱万多夫斯基，从那时起拜仁再没让德甲冠军旁落，但球队连续三年止步欧冠半决赛，瓜迪奥拉带着遗憾远走英伦。此后安切洛蒂、科瓦奇先后执教却都不如意。科瓦奇赛季中期下课后，2014年德国队的冠军助教，迪特-汉斯·弗里克作为救火教练，奇迹般地重新激活了拜仁强大的攻击力，拜仁在特殊赛季先后在单场淘汰赛8：2、3：0屠杀巴塞罗那和里昂，与巴黎圣日尔曼会师决赛。2020年8月23日（欧洲时间）里斯本光明球场，金斯利·科曼反杀老东家，拜仁再夺大耳朵杯，六冠功成！