1900年2月27日，一个叫弗朗兹约翰的柏林人，以18条规章成立了拜仁慕尼黑俱乐部，首批拜仁的队员来了。这支队伍崛起于1907年，当拜仁红队迁往在慕尼黑的雷欧普德斯特瑞斯的拜仁球场时拜仁在一场公开赛中以8-1狂胜对手沃克队。当1910年球队成为了东部地区的冠军时，他们的第一个真正的顶峰来到了。接下来几年拜仁捍卫着他们尊严。到了1920年，拜仁慕尼黑俱乐部拥有了700名成员并象今天一样成为了最大的俱乐部。1926年他们成为了德国南部冠军。1932年他们2比0击败了法兰克福，成为了德国冠军。拜仁成了德国家喻户晓的名字。

　　1967年，拜仁慕尼黑队迎来了欧洲赛场上的第一个顶峰时期。在球队4比0战胜汉堡夺得德国杯冠军后，贝肯鲍尔和他的队友们又马不停蹄地捧走了欧洲优胜者杯，成就了双冠王伟业。

　　在93/94赛季，足球皇帝贝肯鲍尔亲自上阵，他接过了没有好运气的里贝克的教鞭，率队夺得了德甲冠军。 然后拜仁进入特拉帕托尼时代。，他为球队带来了两项冠军：1997年德甲联赛冠军和1998年德国杯冠军。当这位意大利人离开时，整个慕尼黑都向他鞠躬致敬。他以他充满激情的演说赢得了球迷的心，人们不会忘记他。特拉帕托尼走后，继任者是希斯菲尔德。他执教的第一个赛季就堪称完美：球队夺得了历史上第15个德甲联赛冠军，同时也进入了德国杯和冠军杯的决赛。但在巴塞罗那的那个夜晚，球队在最后时刻不可思议的连丢两球痛失冠军。

　　1999年冠军杯决赛中噩梦般的经历并没有击垮拜仁慕尼黑队。进入新千年以后，球队在卡恩、埃芬博格和埃尔博的率领下在各条战线上都取得了不错的成绩，开创了一个新的时代。2000-2001赛季欧洲冠军联赛赛场上，拜仁慕尼黑队完成了一系列复仇战，最终捧杯。

　　2004—2005赛季，拜仁慕尼黑的主教练换成了马加特。他率队获得了联赛及杯赛双冠王并成功卫冕。但球队在欧冠赛场上始终得不到突破，特别是在06年客场1-4惨败AC米兰队，在01夺冠后连续6年未能闯进欧冠半决赛。值得一提的是，球队在2005年起用了新球场，安联球场。它是世界上最好的球场之一。

　　10年来首次失去欧冠参赛资格的耻辱深深刺痛了球队管理层。在接下来的2007－2008赛季开始前，拜仁慕尼黑队分别以2500万欧元引进法国新星里贝里、1100万欧元买来意大利正印中锋托尼、1500万欧元签下德国头牌前锋克洛泽等强援，在创造了俱乐部单笔引进纪录的同时也创造了一个赛季花费7000多万欧元的德甲纪录。该赛季，在功勋名帅希斯菲尔德的出色指挥下，拜仁还创造全赛季34轮仅失15球的德甲新纪录，以及从第1轮直到最后第34轮整个赛季位列榜首的不朽神线赛季，拜仁慕尼黑队送走了功勋老帅希斯菲尔德，功勋门神、精神领袖卡恩，以及因伤被迫提前退役世界顶级右后卫萨尼奥尔。同时请来了在2006年率领德国国家队于本土世界杯获得第3名的“金色轰炸机”克林斯曼担任新的主帅，并于这个赛季赛季初翻修了训练基地。但由于克林斯曼率队战绩拙劣，相继在欧洲冠军联赛被巴塞罗那队以4比0、在德甲被沃尔夫斯堡以5比1大比分羞辱。球员对主帅丧失信心，克林斯曼因而黯然下课。拜仁慕尼黑请来老帅海因克斯救火，老帅在最后5轮的联赛里以4胜1平的不败战绩力挽狂澜，保住了球队下赛季欧洲冠军杯的席位。但终因上任前球队失分太多，未能再度夺冠。赛季结束后，海因克斯离开了拜仁慕尼黑队。

　　2009－2010赛季，拜仁慕尼黑队请来荷兰籍名帅范加尔，同时在转会市场注入7470万欧元，引入了戈麦斯，罗本，季末什丘克等大牌球星，创下新的赛季转会消费记录。新赛季，俱乐部主席贝肯鲍尔为拜仁定位很高，除了保住德甲及足协杯两项冠军外，还要力争获得冠军杯冠军。在上世纪取得了无数荣誉的拜仁已将德甲冠军看作是本赛季不可或缺的桂冠。

　　客场最大获胜比分：7：1 （1979年3月24日 vs 门兴格莱德巴赫）